C'est en 1628 que le facteur Antoine Vernholles construit l'orgue de la cathédrale de Rodez, dans un magnifique buffet qui n'a pas moins de vingt mètres de hauteur. Les travaux durent jusqu'en 1631. André Eustache intervient en 1657, puis Jean de Joyeuse reconstruit entièrement l'instrument en 1676. Un bon nombre d'éléments anciens sont réutilisés, de même que le buffet. Une quittance du 4 juillet 1733 nous informe que tous les sommiers ont été refaits, la soufflerie refaite, la tuyauterie baissée d'un demi-ton par François Lépine. Il intervient de nouveau en 1749, avec l'aide de son fils, pour quelques réparations. En 1776, Isnard aggrandit l'instrument, notamment par l'ajout d'un quatrième clavier.Après la période révolutionaire, le facteur Clavel effectue quelques réparations, mais ce n'est qu'en 1839 qu'une restauration complète à lieu, confiée par le Ministère des Cultes aux frères Claude. Des travaux changent peu à peu le visage de l'instrument au cours du XIXe siècle et la dernière campage de travaux est menée par la maison Puget en 1872. En 1880, l'orgue est endommagé par la foudre et devient pratiquement injouable.L'instrument est reconstruit en 1902, selon l'esthétique post-symphonique, par la Maison belge Anneessens. Le positif de dos est vidé de sa tuyauterie, la traction est pneumatique et toute la tuyauterie est rediapasonnée. En 1934, Maurice Puget remanie la composition. L'orgue compte alors 49 jeux répartis sur 3 claviers / pédalier, tuba de 32'... Vers les années 1970, la transmission et l'orgue sont de nouveau à bout de souffle, et l'orgue est démonté en 1975. La restauration confiée au facteur Yves Koenig, qui retrouve l'orgue de Joyeuse, est achevée en 1986, et l'orgue est inauguré par Michel Bouvard, Georges Lartigau et Francis Chapelet.