À Toulouse en 1852, les Jésuites créent une province et entendent montrer leur puissance. Installés dans la Maison de l’Inquisition, ils se portent acquéreurs de vastes terrains dès 1853 et font appel à l’architecte Henry Bach (1815-1899) pour construire l’église du Gesu, ce qui entraîne la démolition de l’ancien hôtel de la Sénéchaussée et d'une portion importante du rempart.
L’architecte Henry Bach privilégie l’art du XIIIe siècle mais en fait une interprétation tellement libre que l’édifice est sur le plan stylistique, une fusion entre le gothique du nord et la production méridionale. L’ensemble apparaît comme un compromis entre la formule méridionale de la nef unique avec chapelles entre les contreforts et les formes plus septentrionales.

L'intérieur est extrêmement séduisant avec des colonnes, sveltes et longilignes, qui s'épanouissent en d'extraordinaires chapiteaux "feuillagés" très abondants. La décoration peinte de très grande qualité, oeuvre du jésuite Auguste Bach (1819-1890), frère de l'architecte, s'accorde avec les vitraux du toulousain Louis-Victor Gesta (1828-1894), exécutés d'après des cartons du peintre toulousain Bernard Bénézet (1835-1897). Tout cela confère à donner à l'église une cohérence et une unité exceptionnelles.

L’illustre facteur d’orgues Aristide Cavaillé-Coll construit en 1864 l’orgue de l’église du Gesu, classé monument historique en 1977.

C’est après la reconstruction du grand-orgue de la Cathédrale Saint-Étienne en 1852, que Aristide Cavaillé-Coll érige en 1864 cet instrument neuf inauguré par Lefébure-Wély. Le buffet néo-gothique, avec ses deux plates-faces et ses trois tourelles en tiers-point, renferme un orgue de vingt-quatre jeux répartis sur deux claviers manuels et un pédalier. Sa composition est caractéristique de la seconde manière de Cavaillé-Coll. Cet instrument méconnu est cependant un authentique chef-d’œuvre du célèbre facteur.
Fermée par les pouvoirs publics par un décret datant de mars 1880, l'église du Gesu demeure néanmoins la propriété des Jésuites. Elle rouvrira ses portes au public en 1920, tandis que le noviciat sera transformé en école « Saint-Stanislas ».

La Ville de Toulouse, qui a acquis cette église en 2000 et y a effectué les travaux nécessaires, en a confié les clés à l’association Toulouse les Orgues avec la mission de faire vivre le lieu.