Toulouse les Orgues participe à une valorisation active du patrimoine d’orgues de Toulouse. L’association a pour mission de produire le Festival et intervient dans la gestion et le petit entretien des orgues de Toulouse. Elle s'occupe également de la gestion de l'église du Gesu et développe depuis 2002 des activités liées à son festival telles que la création de séjours musicaux et la sensibilisation en direction du jeune public.